紀三井寺の若宮八幡神社の御由緒について紀伊風土記によると、紀三井寺村は昔、村を二分し南北に神社があり現存する釈迦橋より南は若宮八幡を、北は牛頭天王を祀り共に祭礼は九月四日であったとある。 当地、旧紀三井寺村は、日前宮の神領であったので、本来ならば日前宮を産土神とすべきであったが、もともと紀三井寺の金剛宝寺にお仕していた供僧たちによって、形成去れた村であるため、金剛宝寺の鎮守神であった若宮八幡と牛頭天王を産土神としたとある。
　このことから、当社は紀三井寺金剛宝寺の開創と同時（宝亀元年七七〇）に、或はそれ以前よりこの地の鎮守神であらせられたとも考えられる。
　以上のように紀三井寺村は、若宮八幡宮、牛頭天王社を南北の産土神としてお祀りしていたが、明治初期に牛頭天王社を若宮八幡宮（現在地）に御遷座合併申し上げ、又、明治四十二年十月に国の神社合祀令により両社を浜宮神社境内に御遷座合祀したが、昭和二十五年浜宮神社より現在地に還御祭祀いたしている。 さらに昭和四十九年十二月宗教法人法による宗教法人紀三井寺若宮八幡神社となり、昭和五十年十月、還御二十五周年を記念し幣殿、鳥居、拝殿の増改築を行い現在に至っている。なお、昭和四十七年本殿の屋根葺替えの時に発見された安永二年の本殿新築の棟札、明和六年銘の鳥居の石柱の分部が現存している。
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